個人事業主も源泉徴収される？確定申告での対応方法と注意点を解説
「個人事業主なのに報酬から税金が引かれていた…」そんな経験はありませんか？実は、業種や取引先によっては個人事業主でも源泉徴収の対象となることがあります。源泉徴収された税金は、確定申告で精算する必要があり、正しく申告しないと払いすぎた税金が戻らないことも。本記事では、個人事業主が源泉徴収されるケースや、確定申告での対応方法、注意点についてわかりやすく解説します。
個人事業主も源泉徴収される？まずは仕組みを理解しよう
個人事業主として活動していると、「源泉徴収は会社員のものでは？」と疑問に思う方も少なくありません。しかし実は、個人事業主でも仕事の内容や取引先によっては、報酬から源泉徴収されるケースがあるのです。
本記事では、源泉徴収の基本的な仕組みから、個人事業主が源泉徴収される具体的なケース、確定申告との関係まで詳しく解説します。
まずは、源泉徴収の基本と、会社員と個人事業主の違いを押さえましょう。
源泉徴収とは？会社員との違い
源泉徴収とは、報酬や給与を支払う側が所得税などをあらかじめ差し引いて税務署に納付する制度です。所得税を受け取る人が自分で納税するのではなく、あらかじめ一部を差し引いておくことで、納税漏れや不正を防ぐ目的があります。
会社員の場合は、毎月の給与から所得税が源泉徴収され、年末には「年末調整」という仕組みで納税額を調整します。一方、個人事業主には年末調整がないため、源泉徴収された金額をもとに翌年の確定申告で精算する必要があるのです。
たとえば、クライアントから報酬を受け取る際に、源泉徴収税額（通常は10.21％）が差し引かれて入金されていた場合、その税額を確定申告書に記載して「還付」または「追納」を行うことになります。
フリーランス・個人事業主が源泉徴収されるケース
では、どのような個人事業主が源泉徴収されるのか。これは主に「報酬の種類」と「取引先の性質」によって決まります。
国税庁の定める「源泉徴収の対象となる報酬」には以下のようなものがあります。
- 原稿料、講演料
- 弁護士、公認会計士、税理士などの報酬
- デザイン、イラスト、写真、映像などの制作報酬
- 芸能関係の出演料や演奏料
- プログラム開発やWeb制作に対する報酬
参考（個人事業主に支払う源泉徴収対象の8つの報酬とは？対象外のケースも解説）
特に、法人（企業）や個人事業主の「源泉徴収義務者」から報酬を受け取る場合には、原則として源泉徴収が発生します。
源泉徴収義務者とは、従業員を雇っていたり、事業規模がある個人・法人のことで、税法上で定められた条件を満たすと「支払時に源泉徴収する義務」が発生します。
たとえば以下のようなケースが該当します。
さらに、報酬額が100万円を超えるかどうかによって源泉徴収額の計算式が異なる点にも注意が必要です。
詳細な計算方法については後述しますが、手取額にばかり注目していると、実際の収入と納税額にギャップが生まれやすくなるため、契約時から確認しておくことが重要です。
参考：個人事業主が源泉徴収される際に必要な対応とは？計算方法や納付方法も紹介
源泉徴収されない仕事・業種の例
一方で、すべての個人事業主が源泉徴収の対象になるわけではありません。以下のようなケースでは源泉徴収が発生しないことがあります。
1. 取引先が源泉徴収義務者でない場合
個人間の取引、あるいはフリーランス同士の業務委託などでは、取引相手に源泉徴収義務がなければ差し引かれません。
2. 報酬が対象外の業務
源泉徴収の対象業務に該当しない場合も、もちろん徴収されません。たとえば以下のようなケースです。
- 小売業・物販（仕入れて販売する）
- 自らの施設でのセミナー開催
- カメラマンが写真データを商品として販売する（業務ではなく物販扱い）
3. 支払い主が個人（家庭）である場合
個人が趣味で開催するイベントなどに参加して報酬を得た場合も、源泉徴収の対象外となることが多いです。
このように、源泉徴収の有無は「業務内容」と「支払い元の性質」で決まるため、毎回の取引でしっかり確認しておくことが大切です。
参考：個人事業主も源泉徴収する必要はある？計算方法や納付方法を解説
源泉徴収されたら確定申告はどうなる？
個人事業主が報酬を受け取る際に、源泉徴収されていた場合、そのまま放置しておくと税金を払いすぎたままになってしまうかもしれません。
源泉徴収された税金は、確定申告で最終的な所得税額を計算することで、過不足を精算する必要があります。
ここでは、個人事業主にとっての「源泉徴収」と「確定申告」の関係を解説し、申告書への入力方法や、税金が戻ってくる（還付）ケースについても具体的に紹介します。
源泉徴収と確定申告の関係
源泉徴収された税金は「仮の前払い」のようなものです。会社員であれば、年末調整で1年分の税金を精算しますが、個人事業主は自ら確定申告をして税金を精算する必要があります。
たとえば、年間の所得税が20万円だったとして、クライアントからの報酬で15万円分の源泉徴収がされていれば、差額の5万円を納めることになります。逆に、20万円の所得税に対して源泉徴収額が25万円であれば、5万円が還付（払い戻し）されるのです。
このように、源泉徴収された税金は「確定申告によってはじめて正式な税額が確定する」という位置づけにあります。
確定申告での源泉徴収税額の入力方法
源泉徴収された場合、確定申告書には「支払金額」と「源泉徴収税額」の両方を正しく記入する必要があります。記入する箇所は主に次のとおりです。
【収支内訳書・青色申告決算書】
- 「収入金額」欄に、源泉徴収前の「総額」を記載
- 消費税を区別する場合は、税込か税抜も要確認
【確定申告書B 第一表】
- 「所得金額」欄に所得（売上－経費）を記載
- 「所得から差し引かれる金額」や「税額控除」などを反映させて税額を計算
【確定申告書B 第二表】
- 「所得の内訳」欄に、報酬を支払った事業者名・報酬額・源泉徴収税額を記載
この情報は「支払調書」に記載されている場合もありますが、支払調書の提出は義務ではないため、受け取れないケースもあります。その場合は、請求書の控えや入金明細をもとに自分で集計する必要があります。
源泉徴収された税金が戻ってくるケース（還付）
源泉徴収された税金が「払いすぎ」と判断された場合、確定申告を通じて還付される（返金される）ことがあります。これは個人事業主にとって非常に重要なポイントです。
以下のような場合に、還付が発生する可能性があります。
所得が少ない・経費が多いケース
たとえば、1年間の売上がそれなりにあっても、経費が多ければ所得が圧縮され、結果として源泉徴収された税額よりも納税額が少なくなることがあります。差額分は還付対象です。
控除が多く使えるケース
- 基礎控除
- 青色申告特別控除（最大65万円）
- 社会保険料控除
- 生命保険料控除 など
これらを活用することで課税所得が大きく下がり、源泉徴収額との差額が生まれて還付につながるのです。
売上が少なくても源泉徴収された場合
駆け出しのフリーランスや副業で少額の仕事しかしていない場合でも、取引先が源泉徴収していれば、確定申告で還付を受けられる可能性があります。
還付される時期
申告方法によって、還付金が振り込まれるまでの期間も異なります。
- 電子申告（e-Tax）：2〜3週間程度で入金されるケースが多い
- 紙での申告：1ヶ月以上かかることもある
どちらにせよ、還付金は税務署から自動的に振り込まれるため、申告書に正しい銀行口座を記載することを忘れずに。
参考：青色申告者の個人も源泉徴収される？確定申告書への入力方法や仕訳を解説！
請求書の書き方と源泉徴収の金額計算
個人事業主として取引先に請求書を発行する際、源泉徴収の対象となる報酬の場合には、請求書に源泉徴収税額を明記する必要があります。
この処理を怠ると、金額の食い違いやトラブルにつながる可能性もあるため、正しい書き方を押さえておきましょう。さらに、報酬金額によって源泉徴収税額の計算方法が異なる点にも注意が必要です。
ここでは、源泉徴収のある請求書の書き方と、100万円以下・超える場合の計算例をわかりやすく解説します。
請求書に源泉徴収税額を記載する方法
請求書に源泉徴収税額を記載する際は、支払い総額から源泉徴収される税金を明記し、「差引請求額（実際の振込額）」を記載するのが一般的です。
以下のような構成にすると分かりやすく、取引先との認識のずれを防げます。
【請求書記載例】
デザイン制作費：¥100,000
源泉所得税（10.21％）：▲¥10,210
消費税（10％）：¥10,000
合計金額：¥110,000
差引請求額（振込額）：¥99,790
- 報酬本体に対して源泉徴収税額を算出
- 消費税は源泉徴収の対象外なので、そのまま加算
- 実際の入金額（＝差引請求額）は、報酬＋消費税−源泉徴収税額
源泉徴収税は請求書に記載しておけば、確定申告時の記録としても役立ちます。また、源泉徴収された税額は「支払調書」にも記載される場合がありますが、提出義務がないため確実にもらえるとは限りません。請求書や振込明細をきちんと保管しておくことが重要です。
報酬が100万円以下・超える場合の計算例
源泉徴収税額の計算は、「報酬金額が100万円以下」か「100万円を超える」かで式が異なります。どちらの場合も税率は10.21％（復興特別所得税を含む）ですが、計算の仕方に注意が必要です。
■報酬が100万円以下の場合
計算式：報酬金額 × 10.21％
【例】報酬：80,000円の場合
80,000円 × 10.21％ ＝ 8,168円（源泉徴収税額）
請求額の記載例：
報酬：¥80,000
源泉徴収税：▲¥8,168
消費税（10％）：¥8,000
差引請求額：¥79,832
■報酬が100万円を超える場合
計算式：（報酬 − 100万円）× 20.42％ ＋ 102,100円
【例】報酬：150万円の場合
（1,500,000 − 1,000,000）× 20.42％ ＋ 102,100円
＝ 500,000 × 20.42％ ＋ 102,100
＝ 102,100 ＋ 102,100 ＝ 204,200円（源泉徴収税額）
このように、100万円を境に計算方法が大きく変わるため、高額報酬の請求時は特に注意が必要です。
参考：個人事業主でも源泉徴収が必要なケースとは？仕組みやとるべき対応を詳しく解説
源泉徴収された場合の仕訳と会計処理
個人事業主が源泉徴収された報酬を受け取った場合、確定申告だけでなく日々の会計処理でも適切な仕訳が求められます。
源泉徴収された分はまだ納税が完了していない状態であるため、「差し引かれた税金をどう帳簿に記録するか」が重要なポイントになります。
ここでは、入金時の仕訳方法と、確定申告後に還付金が発生した場合の処理方法について解説します。
入金時の仕訳方法（事業主貸／仮払金）
報酬から源泉徴収税が差し引かれて入金される場合、「売上」「源泉所得税」「入金額（現金や預金）」を分けて記録します。
このとき、源泉所得税部分をどの勘定科目で処理するかは会計ソフトや記帳スタイルにより異なりますが、主に以下の2つの方法があります。
■仕訳方法①：事業主貸を使う場合
（借方）普通預金 ¥89,790
（借方）事業主貸 ¥10,210
（貸方）売上 ¥100,000
源泉徴収された税金を「事業主が一時的に立て替えて納めた」と見なし、事業主貸として処理する方法です。特に青色申告者に多く使われています。
■仕訳方法②：仮払金を使う場合
（借方）普通預金 ¥89,790
（借方）仮払金 ¥10,210
（貸方）売上 ¥100,000
源泉徴収税額を「一時的に支払った税金」として仮払金で処理する方法です。あとで税金の清算が行われるため、還付・追納がある場合も追跡しやすいというメリットがあります。
どちらの処理でも問題ありませんが、会計期間内で統一することが重要です。また、会計ソフト（例：freee会計、弥生会計など）を利用する場合は、あらかじめ仕訳テンプレートが用意されていることもあるので、活用すると便利です。
確定申告後に還付金があった場合の仕訳
確定申告の結果、源泉徴収された税金が実際の所得税額よりも多かった場合、差額は「還付金」として返金されます。
この還付金を受け取った際の仕訳も正しく行う必要があります。
■仮払金を使っていた場合の仕訳
（借方）普通預金 ¥10,210
（貸方）仮払金 ¥10,210
■事業主貸を使っていた場合の仕訳（※私的還付扱い）
（借方）普通預金 ¥10,210
（貸方）事業主借 ¥10,210
事業主貸としていた源泉徴収税が戻ってきた場合は、事業主借で処理することで帳簿が整います。
なお、還付金は事業の収益ではないため「雑収入」などで処理してはいけません。源泉所得税の還付は、元々立て替えていたお金が戻ってくるだけなので、正しい勘定科目で処理しましょう。
参考：個人事業主(フリーランス)が源泉徴収される時の適切な対応とは？
個人事業主が「源泉徴収する側」になるケースもある
これまで「源泉徴収される側」としての立場を中心に解説してきましたが、実は個人事業主であっても「源泉徴収する側（源泉徴収義務者）」になる場合があります。
「え、会社じゃないと源泉徴収ってしなくていいんじゃないの？」と思われがちですが、条件を満たすと個人事業主でも源泉徴収を行う義務が発生します。この義務を怠るとペナルティや追徴課税の対象となる可能性もあるため、事前に要件や対応方法を理解しておくことが大切です。
ここでは、源泉徴収義務者になる条件や、実際に源泉徴収を行う際の手続き・帳票作成について詳しく解説します。
源泉徴収義務者とは？要件と判断基準
「源泉徴収義務者」とは、特定の報酬や給与などを支払う際に、所得税などを差し引いて国に納付する義務がある者を指します。法人は基本的に全て義務者となりますが、個人事業主の場合は一部条件を満たしたときに限って義務者となる仕組みです。
■個人事業主が源泉徴収義務者になる主な要件：
- 従業員を雇用して給与を支払っている
- 税理士・弁護士・デザイナーなどに報酬を支払っている
例えば、事務員やアルバイトを雇って給料を支払っている個人事業主は、その給与から源泉徴収を行う必要があります。また、外注で専門職の報酬を支払う場合も同様です。
■対象となる支払い例：
- 給与や賞与
- 税理士・弁護士・司法書士などへの報酬
- イラストレーターやWeb制作者などへの報酬
- 原稿料、講演料など
このような報酬を支払う立場になった場合、自分自身が源泉徴収義務者となるため、支払時に所得税を差し引き、翌月10日までに納付する必要があります。
源泉徴収する場合の手続き・納付方法
個人事業主が源泉徴収義務者として対応するには、まず税務署への届出が必要です。
■初期手続き
- 「給与支払事務所等の開設届出書」を税務署に提出
（給与や報酬を支払う事務所があることを報告）
■源泉徴収の計算と納付
- 対象となる報酬額から、所定の源泉所得税を計算
- 所得税を差し引いて支払
- 差し引いた税金を「所得税徴収高計算書」で翌月10日までに納付
- 年末には「法定調書合計表」「源泉徴収票」などを提出
源泉徴収税の納付は、金融機関の窓口やe-Tax、ダイレクト納付などで行えます。納付が遅れると延滞税や加算税が課されるので、必ず期限を守るようにしましょう。
源泉徴収票や法定調書の作成が必要なケース
源泉徴収を行った場合、その支払い内容を記録し、税務署へ報告するための書類作成が義務付けられます。
■給与を支払った場合
- 源泉徴収票を従業員に交付（翌年1月31日まで）
- 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表を税務署に提出（同日）
■外注先などへ報酬を支払った場合
- 支払調書を作成（対象者に交付は任意）
- 報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書を税務署に提出（1月31日まで）
これらの書類は、正しい金額・氏名・マイナンバー等を記載して作成する必要があります。記載ミスや未提出はペナルティの対象になるため、会計ソフトや税理士のサポートを活用するのもおすすめです。
参考：源泉徴収義務者とは？個人事業主が支払うケース・支払わないケース
よくある質問と注意点
個人事業主として源泉徴収や確定申告に関わるようになると、細かな疑問やトラブルに直面することも少なくありません。
ここでは、よくある質問の中から特に多い「源泉徴収票がもらえない場合」「請求書の消費税と源泉徴収税の書き方」「還付金の振込時期」について解説します。
源泉徴収票がもらえない場合の対処法
個人事業主としてクライアントから報酬を受け取る際、「源泉徴収票（支払調書）がもらえない」というケースはよくあります。
実は、企業側に支払調書の発行義務はあっても、個人事業主への交付義務はないため、送ってこないこと自体は違法ではありません。
そのため、以下のように自分で源泉徴収税額を記録・集計できる状態にしておくことが重要です。
- 毎回の請求書に「源泉徴収税額」を記載して控えを保存
- 実際の振込明細（入金額）を確認し、記帳・保管
- 年末に自分で一覧表を作成して集計（Excelなどで管理）
支払調書がなくても確定申告はできますので、請求内容と入金履歴の突合ができれば十分に対応可能です。
源泉徴収税と消費税を分けて記載すべき？
請求書を作成する際に、「消費税を含めた金額に源泉徴収税をかけていいの？」と悩む方も多いですが、原則として源泉徴収の対象は「報酬本体（税抜）」のみです。消費税は源泉徴収の対象外となります。
そのため、請求書には以下のように金額を明確に区分して記載しましょう。
報酬（税抜）：¥100,000
消費税（10％）：¥10,000
源泉所得税（10.21％）：▲¥10,210
差引請求額：¥99,790
このように明確に区分しておけば、取引先とのトラブルや税務調査時の指摘も防げます。
なお、消費税の課税事業者でない（免税事業者）の場合は、そもそも消費税の記載自体が不要です。
還付金はいつ戻ってくる？
確定申告で源泉徴収された税額が過剰だった場合、差額は「還付金」として税務署から口座に振り込まれます。還付されるタイミングは、申告方法によって異なります。
また、還付金の受け取りには銀行口座の正しい記入が必須です。口座名義と氏名の表記が一致していないと振込されない場合もあるため、提出前にしっかり確認しておきましょう。
なお、還付金は雑収入ではなく、あくまで前払いした税金の返金ですので、帳簿処理では「仮払金の戻り」などで処理するようにしましょう。
まとめ：源泉徴収を理解して確定申告で損をしないために
個人事業主にとって「源泉徴収」は、自分には関係ないと思われがちな仕組みかもしれません。しかし実際には、フリーランスや副業でも対象となるケースが多く、知らずに損をしてしまう可能性もある制度です。
本記事では、個人事業主が「源泉徴収される場合」「源泉徴収する側になる場合」双方の立場から、仕組みや確定申告との関係、請求書の書き方や会計処理までを網羅的に解説しました。
源泉徴収の仕組みを正しく理解しておけば、納税のミスを防げるだけでなく、過剰に支払った税金を還付として受け取ることも可能です。
また、帳簿の付け方や仕訳、書類の保存などの基本を押さえておけば、税務署からの問い合わせにも慌てず対応できます。
これからも安心して事業を継続していくために、源泉徴収と確定申告の知識をしっかり身につけ、損をしない経営を心がけましょう。